Fællesskabet Fanefjord Fond er en fondsdrevet selvejende organisation. Bestyrelsen består pr. 21. September 2026 af:
Peter Pedersen, Skoleleder, bestyrelsesformand
Boris Velander, privatpraktiserende speciallæge i psykiatri
Michala Hansen, Pædagog/familiebehandler
Medarbejderrepræsentant